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Après lecture du sujet suivant http://www.plaisance-pratique.com/couleur-de-fond-du-dashboard#forum11671, je me suis intéressé à cette question des couleurs, qui sont modifiables à volonté.
Voir ci-dessous la démarche :

Il est possible de créer ses propres coloris, en utilisant les codes couleur html : voir les sites ci-dessous (il y en a d’autres)
 :
http://html-color-codes.info/Codes-couleur-HTML/
http://www.jokconcept.net/codes-couleurs-hexdecimal.php
http://www.toutimages.com/generateur_nr_2.htm

ou utiliser le logiciel CaptureCouleur (cf. ci-dessous)

Il sera aussi nécessaire d’utiliser les logiciels suivants (gratuits, à chercher sur Google, par exemple) :
  NotePad (éditeur html) pour modifier les codes des couleurs dans le fichier « chartsymbols »
  CaptureCouleur pour identifier et choisir ses couleurs personnelles

Les lignes à modifier sont les suivantes :

LANDA → Terres émergées
CHBRN → Agglomérations
NOTDA → Zone de rochers affleurant
DEPIT → Estran
DEPVS → Profondeur inférieure à 5 m
DEPMS → Profondeur de 5 à 10 m
DEPDW → Profondeur supérieure à 10 m

Pour information, quelques exemples de couleurs :

OpenCPN original
LANDA 201 ; 185 ; 122
CHBRN 177 ; 145 ; 57
DEPIT 131 ; 178 ; 149
NOTDA 163 ; 180 ; 183
DEPVS 115 ; 182 ; 239
DEPMS 152 ; 197 ; 242
DEPDW 212 ; 234 ; 238

MaxSea
LANDA 221 ; 219 ; 180
CHBRN
DEPIT 150 ; 209 ; 170
NOTDA
DEPVS 183 ; 243 ; 255
DEPMS 208 ; 240 ; 255
DEPDW 255 ; 255 ; 255

Cartes SHOM
LANDA 255 ; 221 ; 149
CHBRN 247 ; 155 ; 135
DEPIT 154 ; 186 ; 190
NOTDA
DEPVS 157 ; 208 ; 242
DEPMS 200 ; 230 ; 242
DEPDW 255 ; 255 ; 255

NB : ces couleurs peuvent légèrement varier en fonction du réglage de l’écran
Chacun peut modifier ces teintes à l’infini (éventuellement utile, au-delà de l’aspect « gadget » pour ceux qui ont des problèmes de vision des couleurs)

En pratique :
Ouvrir, dans la liste des programmes, le dossier OpenCpn, puis le sous-dossier « S57data ». Copier le fichier « chartsymbols » (dans un autre dossier appelé par exemple « couleurs personnelles », qui peut ou non rester dans le sous-dossier « S57data »)
Ouvrir ce fichier « chartsymbols » à l’aide de NotePad et modifier les lignes LANDA, CHBRN, etc, au choix... dans la première partie de la liste (ce sont les couleurs « jour »).
On doit avoir préalablement choisi de nouvelles couleurs, sur une autre cartographie, des photos, ou toute autre zone colorée, à l’aide du logiciel CaptureCouleur
Enregistrer les modifications en fermant NotePad
Sauvegarder le fichier « chartsymbols » original, puis le remplacer par celui qui vient d’être créé.
Vérifier le résultat en lançant OpenCpn (et modifier comme ci-dessus s’il n’est pas satisfaisant)