Ce n’est pas tout à fait exact, la batterie la plus forte (je suppose que ça veut dire avec la plus forte capacité) ne surchargera pas la batterie de plus faible capacité : l’alternateur ne « voit » pas une batterie (dans la version la plus simple du régulateur standard) mais fournit une tension régulée et chaque batterie absorbe le courant correspondant à cette tension : la batterie de plus grande capacité absorbera plus si elle est plus déchargée (c’est le cas le plus fréquent, la batterie de démarrage étant presque toujours chargée à bloc). Il n’y a aucun risque de surcharge de l’une ou l’autre batterie.
Par contre, dès l’arrêt du moteur, il faut séparer les batteries pour éviter que la plus chargée ne recharge l’autre et que vous ayez à la fin les deux batteries déchargées. C’est la raison de l’attention nécessaire : coupler lors de la charge, séparer dès l’arrêt de la charge.